протокол разногласий к договору перевозки

кто знает как форму заполнять?

Весь документ это три столбца - "Версия Стороны 1", "Версия Стороны 2", "Согласованная версия", где в первый вносится попунктно версия стороны 1, во второй - версия стороны 2, в третий, соответственно, согласованная версия.

Конкретной формы не существует. Составляйте так, как вам удобно. Как вариант, можно сделать протокол разногласий таким образом:

В фабуле пишете что-то вроде "ООО "XXX" в лице Ивана Ивановича, именуемое "NNN" и ООО "YYY" в лице Петра Петровича, именуемое "MMM", согласовали настоящий протокол разногласий к договору № AAA от dd.mm.yyyy."

Ниже идёт таблица с двумя столбцами: слева "Содержание договора", справа "Предлагаемая редакция".

Повторюсь, это лишь один вариант. Оформлять можно как угодно, лишь из документа можно было уяснить кто согласовал этот протокол разногласий и в чём заключаются предлагаемые изменения в предложенный к подписанию договор.