Думаю, важна суть договорных взаимоотношений - если Вы осуществляете перевозки собственным или арендованным транспортом, это ЕНВД. Если привлекаете транспорт сторонних организаций - это УСН или ОСН. Если и то, и другое - необходим раздельный учет. Для отчета в налоговую нужен сам отчет
При возникновении непонимания с налоговой относительно вида деятельности ПРИ ПРОВЕДЕНИИ ПРОВЕРКИ необходимо доказать, что перевозки осуществлялись именно собственным транспортом. Доказательства - трудовые договора с водителями, заявки с номерами а/м и данными водителя. Путевые листы - не знаю, и не понимаю, зачем Вы их кому-то отдаете, это Ваш первичный бух.документ.
В любом случае, в суде докажете.