Если я не правильно ответил, то поправьте пожалуйста.
Для налоговой без разницы на какой счет вы оплатили, если бы был ИП, то они сами должны отчитываться о доходах и расходах, а если у вас оплата прошла на физ лицо, то должен быть составлен "выполненных работ" по которому отражена сумма оплаты, НДФЛ 13% от всей суммы которую вы выплатили физ лицу и 30% ПФР тоже от всей суммы. Но на главный ваш вопрос как это оформить я к сожалению не могу.
Сам сталкивался с такой ситуацией только без ИП и пришлось трудоустраивать это физ лицо на работу, т.к. потерял бы 43% от всей суммы предложенной грузовладельцем по безналу.