По настоящему договору перевозки груза «Исполнитель» обязуется доставлять вверенные ему «Клиентом» грузы в пункты выгрузки,
- а Вы уверены, что конкретно клиент Вам вверит груз? А не третий (пятый, десятый...) грузоотправитель?
----------
Подать в устной или письменной форме заявку
и
Своевременно сообщить об отказе на заявку, но не позднее 12 часов до начала выполнения заявки.
- как потом вообще будете доказывать, была заявка, не была? Какое время подачи, какая ставка?
----------
либо заказать выполнение экспедиторских услуг силами водителя Исполнителя
- простите, но это вообще без комментариев

Водитель втихаря зарегистрировался как ИП и снимает комиссионные за жэкспедиторские услуги?

----------
На собственном или привлекаемом автотранспорте
- нет понятия "привлекаемый автотранспорт". Есть третьи лица, которым передаются права и обязанности по договору (определенным образом), либо это уже договор ТЭО, а там и предмет, и ответственность, и подсудность, и налогообложение другое!
----------
Расчёты также могут осуществляться наличными денежными средствами на загрузке/выгрузке транспортного ср-ва по договорённости сторон
-
при устной заявке
----------
Договор неплохой, но явно требует доработки