Здравствуйте!
Электронные документы подписываются электронной подписью.
Но если ваша бухгалтерия просит документы в бумажном виде, распечатайте копию электронного документа из АТИ-Доков. Оригинал документа будет в электронном виде, а его копия — в распечатанном.
Квалифицированная электронная подпись — аналог синей печати и подписи на бумажном документе, поэтому электронные документы с ней имеют юридическую силу. Это означает, что налоговая примет отчет в электронном виде, и распечатывать его для налоговой не нужно.
Важно распечатывать документ именно с сайта. Если вы его предварительно скачаете и распечатаете сохраненный файл, то он будет без штампа электронной подписи.
Подробнее, как распечатать документ с в АТИ-Доки.