Если Вы говорите об официальном предъявлении претензии (т.е. не через АТИ, а в письменном виде по почте или нарочно), то можете в одной претензии указать все неоплаченные перевозки (заявки). Что у Вас указано в счете, для этого вообще не имеет значения.