Цитата (Иманкулова Мира Муратовна, ИП @ 01.07.2023 08:12)правильно ли это - заключать договор с одним лицом, в данном случае ООО, а оплату получать от другого, но прописанного в договоре лица, в данном случае от ИП?
Это допускается законом (ст. 313 ГК РФ) и часто применяется на практике. Например, на основании этой нормы третье лицо может уплатить госпошлину (если есть доверенность).
Цитата (Иманкулова Мира Муратовна, ИП @ 01.07.2023 08:12)И что значит по сканам счета, акта...?!
Вы должны отправить сканы счёта, акта и почтовой квитанции, это является условием оплаты.
Цитата (Иманкулова Мира Муратовна, ИП @ 01.07.2023 08:12)мы должны выставить счёт, который подписываем сами и подписывает "онлайн" заказчик?
Обычно счёт подписывается только исполнителем. Но если заказчик тоже хочет его подписать — никакого нарушения в этом нет.
Цитата (Иманкулова Мира Муратовна, ИП @ 01.07.2023 08:12)Также мы составляем акт выполненных работ, отправляем заказчику, он подписывает факсимильно, или электронной подписью
Если условие об оплате сформулировано именно так, как вы написали в первом предложении, и других дополнительных условий в договоре нет, то оплата не зависит от подписания заказчиком акта.
На будущее: не подписывайте договор, если вам не ясны или не до конца ясны его условия. Найдите юриста, которому доверяете. Консультации стоят не очень дорого, а пользы от них бывает на миллионы.