В общем случае не может, но есть понятие "обстоятельства, не требующие промедления" - в этих случаях сотрудник ДПС может производить досмотр транспортного средства без понятых. Конечно, такие "обстоятельства" должны быть действительно вескими (например, крики о помощи, зловоние из кузова - это к примеру) но бывает так как бывает
Сверка номеров перевозящихся агрегатов со сведениями, содержащимися в ТН, вряд ли будет приравнена к подобным обстоятельствам - уж точно есть возможность подождать некоторое время для поиска понятых.
Вы можете написать жалобу командиру подразделения, к которому относится остановивший вас сотрудник полиции, отправить жалобу в прокуратуру с просьбой провести проверку действий остановившего вас сотрудника ДПС.