как отразить штраф в счете и акте без НДС.

Добрый день. Перевозчик доставил не весь груз , указанный в заявке, не сообщив заказчику с места загрузки. Все эти положения прописаны в заявке-договоре.Пришлось нанимать другую машину. На выгрузке составили акт о недостаче и претензию, где указали штраф , равный сумме перевозки , недостающего груза, другой машиной. Перевозчик выставил счет и акт за перевозку, не учитывая штраф. В счете и акте указана первоначальная сумма по договору.Я не могу подписать акт без учете штрафа, т.к. перевозчик может предъявить претензию через суд.
Расчеты производятся без НДС. Как правильно оформить документы: счет и акт о проделанной работе, с учетом штрафа.